De oorsprong van YWCA Nederland ligt in de oprichting van ‘de Federatie van Christelijke Verenigingen van en voor Vrouwen en Meisjes’. Verschillende naast elkaar werkende christelijke vrouwenverenigingen werden samengebundeld. De Federatie werd in 1919 opgericht in Utrecht, met Mary Barger als belangrijke spil van de organisatie (zij was Algemeen Secretaresse). Andere belangrijke namen zijn: Jonkvrouw Cornelia Maria van Asch van Wijck en Willie van Doorn-Snijders.
De Federatie sloot zich in 1921 aan bij ‘de Wereldbond YWCA’, de wereldwijde beweging van YWCA, nu ‘World YWCA’ genoemd. De World YWCA is sinds haar oprichting in 1855 actief in meer dan 120 landen. In 1972 besloot de Federatie om haar federatievorm los te laten. Een nieuwe vereniging met individueel lidmaatschap werd opgezet. Dit is de vorm waarin we YWCA Nederland nu kennen. De YWCA is vanaf het begin lid geweest van de Nederlandse Vrouwenraad, en kent veel verbanden met andere vrouwenorganisaties en initiatieven, waaronder de activiteiten ten aanzien van de VN- resolutie 1325.
De YWCA Nederland, in haar huidige vorm, kent geen betaald personeel, de organisatie is volledig afhankelijk van de vrijwillige inzet van haar leden en vrijwilligsters. De YWCA heeft een ANBI-status, waardoor zij erkend wordt als een not for profit organisatie door de belastingdienst en onder de goede doelen valt. Hiermee onderscheidt de YWCA Nederland zich van YWCA’s in de wereld waar vaak, door de activiteiten op het gebied van hostels, er wel sprake is van betaalde krachten. Veel YWCA’s hebben eigen panden vanuit de historie van het bieden van veilige ruimtes voor werkende alleenstaande vrouwen. YWCA Nederland heeft een eigen pand aan de F.C.Donderstraat 23 te Utrecht.